Cơm mẻ bao gồm một số thành phần gồm con mẻ, nấm men, vi khuẩn lên men acid lactic. Con mẻ là một loại tuyến trùng hữu ích mang tên Panagrellus redivivus[2][3] rất nhỏ nhưng có thể nhìn thấy bằng mắt thường, bò ngọ nguậy trên bề mặt cơm trong hũ mẻ và thành dụng cụ chứa đựng. Thức ăn của con mẻ là nấm men. Chúng có hàm lượng protein rất cao, có vai trò hỗ trợ dinh dưỡng.

Trong khi hầu hết mọi người đều chú ý đến con mẻ, thực chất con mẻ lại không đóng vai trò cốt yếu đối với tiến trình lên men cơm hay bún thành cơm mẻ mà chỉ báo hiệu cho người sử dụng biết chất lượng của cơm mẻ.

Nấm men là thành phần thứ hai trong cơm mẻ, có dạng hình chùm, cung cấp nhiều vitamin và đạm, hỗ trợ dinh dưỡng.

Vi khuẩn lactic là thành phầm thứ ba và thành phần chính của cơm mẻ. Đây là trực khuẩn Gram dương lên men kỵ khí, có khả năng chuyển hóa tinh bột thành đường và từ đường chuyển thành acid lactic. Chính nhờ acid lactic mà tạo thành vị chua của cơm mẻ. Vi khuẩn này còn kích thích hệ tiêu hóa, tận dụng được chất bột, đường nên có nhà khoa học nghĩ rằng có thể dùng nó để nghiên cứu trị bệnh tiểu đường. Vi khuẩn này cũng tạo điều kiện cho môi trường có pH thấp làm ức chế các vi khuẩn có hại cho đường ruột như Escherichia coli, Salmonella.